La storia si svolge nell’aprile 2001 in una città tedesca con protagonista un ragazzo di nome Eike Kusch, 22 anni. Mentre vagava per le strade viene accoltellato e ucciso. Subito dopo si ritrova in un’anticamera della morte dove la voce di una creatura chiamata Homunculus gli parlerà e gli offrirà la possibilità di viaggiare nel tempo, al fine di salvarsi la vita. Così Eike dovrà viaggiare in varie epoche completamente differenti tra di loro, nella speranza di scoprire le cause della sua morte e avere la meglio sul destino. Con il progredire della vicenda, si scoprirà che tutta (o quasi) la nostra storia ruota attorno alla pietra filosofale. Con il progredire della storia, viene svelato che grazie a essa è possibile non solo creare un elisir in grado di curare qualsiasi malattia, ma che è dalla pietra stessa che è anche nato lo stesso Homunculus. Al suo interno è contenuta l’intera forza vitale di quest’ultimo. Non viene mai chiarito se per “evocare” l’Homunculus serva tutta la pietra o ne basti solo un frammento. Uno dei protagonisti, Hugo, tenterà anche di usarla per riportare in vita la madre, riuscendo però a evocare solo il suo spirito e condannandola a vagare nel mondo terreno per l’eternità. Non mancano numerosissimi colpi di scena, che possono essere visti solamente sbloccando tutti i finali disponibili.