La storia si svolge circa 10 anni dopo la fine di Riven. Lo Straniero, il misterioso amico di Atrus il cui ruolo è centrale nella serie di Myst, arriva alla nuova casa di Atrus e Catherine, una graziosa piccola oasi in mezzo al deserto, che Catherine chiama Tomahna (in Uru: Ages Beyond Myst è spiegato come questa sia solo una piccola parte dell’Era di D’ni). Atrus ha chiamato lo Straniero a Tomahna per mostrargli la sua ultima Era chiamata Releeshahn, che ha scritto per creare una nuova casa per gli D’ni sopravvissuti. Ad un tratto, un uomo misterioso si collega nello studio di Atrus, dà fuoco alla stanza, si impossessa del Libro di Releeshahn, e fugge usando un libro di collegamento che si era portato indosso. Questo libro conduce nell’Era di J’nanin, l’Era-scuola che Atrus aveva creato nella speranza di insegnare ai suoi figli l’arte della scrittura degli D’ni molti anni prima.