Jak 3: alla fine di Jak 2, Jak sconfigge Core e respinge l’invasione delle Teste di Metallo, ma Jak 3 riprende la storia esattamente dal punto in cui si era conclusa. Con la distruzione di Core, non tutte le Teste di Metallo sono state eliminate. Dalla lotta politica all’interno di Haven City, emergono tre fazioni: le Teste di Metallo, la Freedom League (il nuovo governo nato dalla resistenza) e una nuova forza che controlla i robot costruiti nella zona industriale.