Il gioco mantiene l’impianto a piattaforme, la possibilità di fruizione solo in modalità giocatore singolo e il medesimo sistema di controllo; tuttavia, è molto diverso dal predecessore. L’ambientazione e l’atmosfera fantasy sono condite da una patina più tenebrosa: si parla di guerra, vendetta e uccisioni; evidenti sono i cambiamenti avvenuti nel protagonista Jak. Ha un aspetto più maturo, mostra un fisico più prestante, parla (in The Precursor Legacy non esprimeva parola), è mosso dall’ira per essere stato soggetto a terribili esperimenti e si può notare come provi soddisfazione nell’infliggere dolore ai propri nemici, Teste di Metallo o Guardie Kremizi che siano. Inoltre, può trasformarsi in Dark Jak per breve tempo e previa accumulazione di Eco oscuro, una sorta di alter ego malvagio e distruttivo. Per la prima volta nella saga di Jak and Daxter sono disponibili delle armi da fuoco: Jak riceve un Morph Gun che, attraverso quattro potenziamenti, può assumere quattro diverse configurazioni di fuoco. La prima modalità di fuoco viene ottenuta già nelle prime fasi di gioco e, sebbene si possano ancora sferrare calci e pugni ed eseguire delle elementari combo, le quattro armi che Jak guadagna sono essenziali per superare con successo quasi tutte le missioni e i diversi boss.