Questo episodio, assieme ai due successivi, può essere considerato un soft reboot della serie originale: pur riprendendone le caratteristiche di base, presenta un gameplay innovativo e modifica parzialmente l’aspetto, la biografia e il carattere della protagonista Lara Croft.

Quando Lara Croft era bambina, era sopravvissuta insieme a sua madre a un incidente aereo in Nepal; nel tentativo di salvarsi, la donna era misteriosamente scomparsa nei pressi di un misterioso altare di pietra.

Anni dopo, Lara si è recata a Tiwanaku, in Bolivia, presso le misteriose rovine di un altare molto simile a quello dove sua madre era scomparsa. Ad attenderla ci sono alcuni mercenari, che sembrano incaricati di eliminarla…

Lara può portare solo un fucile oltre alle doppie pistole. Se si possiede già un fucile e se ne raccoglie un altro, questo verrà sostituito a quello precedente.