La storia si svolge quasi 70 anni dopo Master of Arena. Dopo la colonizzazione di Marte, una potente organizzazione chiamata The Frighteners rovescia il governo per volere del loro leader, l’enigmatico Leos Klein. Il giocatore è un mercenario incaricato di smantellare i Frighteners e sconfiggere Klein.

Il gameplay di Armored Core 2 è in gran parte simile a quello dei suoi predecessori. I giocatori prendono il controllo di potenti macchine chiamate Armored Core e si impegnano in missioni pericolose o combattono nell’Arena contro altri piloti. Come i giochi precedenti, Armored Core 2 presenta una modalità multiplayer locale che include una funzione di collegamento della console e consente a due giocatori di combattersi tra loro con il proprio Armored Core personalizzato.