Nonostante le prove dimostrino il contrario, il governo americano non rivendica alcun coinvolgimento, sguinzagliando l’agente Michael Thorton con il compito di assicurare i colpevoli alla giustizia.

Ben presto però, Thorton si trova invischiato in un complotto di livello planetario e deve mettere in gioco tutto ciò in cui crede per risolvere la situazione.

Con più opzioni di qualsiasi RPG, Apha Protocol, offre un sistema di controllo senza precedenti, oltre allo sviluppo delle abilità di Thorton e all’interazione con gli altri personaggi. Combattimento corpo-a-corpo padronanza della armi, tecnologie all’avanguardia e seduzione, sono solo alcune delle competenze dell’agente speciale protagonista.